یک الگوریتم مکاشفه ای برای حل مسئله برعکس پیشگویی ساختار rna
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم ریاضی
- نویسنده سیده مارال ضیایی
- استاد راهنما محمد گنج تابش سیدشهریار عرب
- سال انتشار 1391
چکیده
عملکرد مولکول rna اغلب وابسته به ساختار فضایی آن است. از این رو مسئله طراحی رشته نوکلئوتیدی یک rna که به ساختار خاصی تا بخورد برای زیست شناسان، پزشکان و داروسازان حائز اهمیت است. این مسئله به مسئله معکوس تاشدگی معروف بوده و بدین صورت تعریف می شود که برای یک ساختار دوم rna داده شده،هدف پیدا کردن دنباله نوکلئوتیدی است که ساختار دوم آن (با حداقل انرژی آزاد) مشابه با ساختار داده شده باشد. رویکردی که ما برای حل این مسئله در پیش گرفته ایم بدین صورت است که ابتدا مولفه های تشکیل دهنده ساختار دوم هدف را بدست می آوریم و برای هر کدام از این مولفه ها رشته نوکلئوتیدی بهینه را با استفاده از یک الگوریتم مکاشفه ای محاسبه می کنیم. سپس رشته های نوکلئوتیدی این عناصر را با هم ادغام می کنیم تا رشته نوکلئوتیدی متناظر با ساختار هدف بدست بیاید. مزیت این رویکرد نسبت به رویکردهای موجود در این است که استفاده از این گونه الگوریتم ها را با طول نوکلئوتیدی زیاد، به حداقل رسانده است.
منابع مشابه
پیشگویی دقیق ساختار دوم RNA مبتنی بر الگوریتم ژنتیک
مولکول RNA نقش مهم و اساسی در فرآیندهای زیستی ایفا می¬کند. در بیشتر مواقع، عملکرد RNAها توسط ساختار آنها مشخص می¬شود. با توجه به پیچیدگی و هزینه بر بودن روش¬های آزمایشگاهی برای پیشگویی ساختار RNAها، از روش¬های محاسباتی استفاده می¬گردد. الگوریتم¬های متنوعی جهت پیشگویی ساختار دوم مولکول RNA وجود دارد. در این مقاله، یک الگوریتم ژنتیک بنام RNAG جهت پیشگویی ساختار دوم مولکول RNA براساس حداقل انرژی ...
متن کاملپیشگویی دقیق ساختار دوم rna مبتنی بر الگوریتم ژنتیک
مولکول rna نقش مهم و اساسی در فرآیندهای زیستی ایفا می¬کند. در بیشتر مواقع، عملکرد rnaها توسط ساختار آنها مشخص می¬شود. با توجه به پیچیدگی و هزینه بر بودن روش¬های آزمایشگاهی برای پیشگویی ساختار rnaها، از روش¬های محاسباتی استفاده می¬گردد. الگوریتم¬های متنوعی جهت پیشگویی ساختار دوم مولکول rna وجود دارد. در این مقاله، یک الگوریتم ژنتیک بنام rnag جهت پیشگویی ساختار دوم مولکول rna براساس حداقل انرژی آ...
متن کاملیک الگوریتم فراابتکاری برای حل مسئله ی تخصیص تصادفی
مسئله ی تخصیص یکی از پر کاربردترین مسائل در زمینه ی تحقیق در عملیات است که گونه های مختلفی از آن ارائه شده است. قطعی نبودن داده های دنیای واقعی موجب می شود تا مسائل کلاسیک در عمل کاربرد چندانی نداشته و مسائل تخصیص تصادفی طراحی شوند. در این نوشتار مسئله ی تخصیص تصادفی برای حالتی که هزینه ی تخصیص فعالیت ها به افراد برابر با صفر است و نیز برای کمینه سازی تابع هدفی که براساس دو معیار تأخیر در انجام...
متن کاملارائه مدلی برای حل مسئله تخصیص افزونگی قابلیت اطمینان بوسیله یک الگوریتم رقابتی تلفیقی چندهدفه
تخصیص اجزاء مازاد شامل انتخاب اجزاء و سطوح افزونگی برای بیشینه نمودن قابلیت اطمینان تحتمحدودیتهای مختلف سیستم است. در اکثر طراحیها، به دلیل وجود توابع هدف چندگانه متضاد، محاسبهقابلیت اطمینان دشوار میباشد. در مدل ارائه شده در این مقاله سه هدف شامل بیشینه سازی قابلیتاطمینان،کمینهسازی حجم و کمینهسازی هزینه مد نظر قرار میگیرد که برای حل آن، یک الگوریتم تلفیقیچندهدفه جدید بر پایه الگوریتمهای رقابتی ...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم ریاضی
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023